Valstybinis jaunimo teatras įsteigtas 1965 sausio 29 d. Lietuvos kultūros ministerijos įsakymu. Pradžioje jis buvo vadintas Jaunojo žiūrovo teatru, o valstybinio jaunimo teatro vardą įgijo 1965 gruodžio 17 d. Pirmoji premjera W. Shakespeare’o “Romeo ir Džuljeta” (rež. Aurelija Ragauskaitė) įvyko 1966 gegužės 27 d. – tai oficialus Valstybinio jaunimo teatro gimtadienis.

Teatro pavadinimas tiesiogiai susijęs su tuometinės Sovietų Sąjungos teatro politika. Visose respublikose buvo steigiami teatrai, kurie užpildytų jauno žiūrovo teatro nišą. Tokią misiją turėjo ir jaunimo teatras. Teatras savo veiklą pradėjo Lietuvos kultūrai gana palankiu metu. Su šiuo teatru susijęs naujos tuo metu kurti pradėjusios režisierių kartos - Irenos Bučienės, Ginto Žilio, Vytauto Čibiro ir Dalios Tamulevičiūtės kūrybinis gyvenimas. Šis teatras pirmasis Lietuvoje parodė kai kurias J. Anouilh, J. Osborno, T. Williamso, J. Cocteau, P. Ustinovo pjeses.

1965  konkurso būdu į aktorių trupę pateko Rolandas Butkevičius (1934 -1989), Leonas Ciunis, Nijolė Gelžinytė, Ferdinandas Jakšys, Rimgaudas Karvelis, Regina Kazlauskaitė, Saulius Sipaitis, Antanas Šurna, Elvyra Žebertavičiūtė, Aurelija Mikušauskaitė, Gintautas Žilys ir kt. Nemaža dalis jų buvo atėjusių iš Kapsuko (dab. Marijampolės) dramos teatro. 1966 m. į teatrą atėjo Gediminas Girdvainis, Laima Štrimaitytė, Irena Tamošiūnaitė. Iki 1968 teatrui vadovavo režisierė Aurelija Raugauskaitė. Jos vadovavimo laikotarpiu buvo pastatyti šie teatro istorijoje svarbesni spektakliai: J. Anouilho „Vyturys“ (rež. I. Ivanovas), J. Osborno „Atsigręžk rūstybėje“, J. Švarco „Drakonas“ (rež. V. Čibiras), T. Williamso „Stiklinis žvėrynas“ (rež. G. Žilys), V. Palčinskaitės „Aš vejuosi vasarą“, poezijos spektaklis „Gintaro paukštė“(rež. A. Ragauskaitė).

Nuo 1968 iki 1974 Valstybiniam jaunimo teatrui vadovavo režisierius Vytautas Čibiras. Tuo laikotarpiu vieni ryškiausių spektaklių repertuare buvo V. Čibiro režisuotas spektaklis Moliere‘o „Skapeno klastos“ (1969) ir Astridos Lindgren „Pepė Ilgakojinė“ (1971). Teatre daugiausia režisavo D. Tamulevičiūtė ir G. Žilys. Nuo 1975 m. jaunimo teatrui prasidėjo kūrybiškai aktyvus laikotarpis. Iki 1988 teatro vadovavo pareigas ėjo režisierė Dalia Tamulevičiūtė. Teatro trupę papildė kurso, gavusio „dešimtuko“ vardą, aktoriai Dalia Storyk, Dalia Overaitė, Remigijus Vilkaitis, Arūnas Storpirštis, Irena Kriauzaitė, Kristina Kazlauskaitė, Algirdas Latėnas, Violeta Podolskaitė, Kostas Smoriginas, Vidas Petkevičius. Skiriamuoju ženklu ankstesnio ir naujo periodo tapo Dalios Tamulevičiūtės režisuoti spektakliai – Sauliaus Šaltenio „Ugnies medžioklė so varovais“ (pirmasis lietuviškas miuziklas, kompozitorius – Giedrius Kuprevičius), „Škac mirtie, visados, škac“ (1976), „Komunarų gatvė“ (1977), „Jasonas“ (1978).

1987 Sh. Delaney “Medaus skonio” pastatymu teatre debiutavo režisierius Eimuntas Nekrošius pradėdamas naują aktorinės režisūros laikotarpį. Pasaulinį garsą Jaunimo teatrui pelnė režisieriaus Eimunto Nekrošiaus spektakliai: „Kvadratas“ (1980), „Pirosmani, Pirosmani“ (1981), „Meilė ir mirtis Veronoje (1982) „Ilga kaip šimtmečiai diena“ (1983), „Dėdė Vania“ (1986), „Nosis“ (1991). Įvairiuose tarptautiniuose festivaliuose, kurie vyko Europoje, abiejuose Amerikos žemynuose, Australijoje, buvo vaidinami jo režisuoti spektakliai, pelnę teatrui tarptautinį pripažinimą.

Nuo 1992  iki 1995  teatrui vadovavo Antanas Šurna, 1995 - 1997  - Jonas Vaitiekaitis. 

Nuo 1997  iki šios dienos teatrui vadovauja Algirdas Latėnas. Dabartinį aktorių trupės branduolį sudaro Dalios Tamulevičiūtės ir Algirdo Latėno išugdyti aktoriai.

2006 į Jaunimo teatro didžiąją sceną po beveik dešimties metų pertraukos sugrįžo režisierius Jonas Vaitkus. Spektakliu „Pagalvinis“, sukurtu pagal šiuolaikinio anglų dramaturgo Martino Macdonagho pjesę, režisierius iš naujo atrado jaunimo teatrą kaip vietą, kurioje galima drąsiai išsakyti savo poziciją, kritikuoti visuomenę. Vėlesni spektakliai Witoldo Gombrowizciaus „Ivona, Burgundo kunigaikštytė“ (2007) ir Petro Vaičiūno „Patriotai“ (2008) buvo įvertinti teatro kritikų apdovanojimu „Auksiniu scenos kryžiumi“ ne tik už režisūrą, bet ir už puikius aktorinius darbus.

Teatre dirba žymūs scenografai, dailininkai Vitalijus Mazūras, Nadežda Gultiajeva, Adomas Jacovskis, Jonas Arčikauskas, Marta Vosyliūtė, Gintaras Makarevičius. Kompozitoriai: Faustas Latėnas, Algirdas Martinaitis, Giedrius Puskunigis.

Jaunimo teatre debiutavo jauni režisieriai: Jokūbas Vilius Tūras (E. Jonesko „Pamoka“), Ignas Jonynas (N.Gogolio „Apsiaustas“), Albertas Vidžiūnas („Broliai Liūtaširdžiai“ pagal A.Lindgren), Agnius Jankevičius („Virto ąžuolai“ pagal J.Baltušį).